火影忍者羁绊的合作玩法以组队对战为核心形式，主要体现在如羁绊试炼和羁绊对战等模式中，这些模式支持2v2的团队战斗。玩家可以主动组队参与，或通过单人匹配由系统随机分配队友，确保对战的可参与性。胜利后玩家可以获得星级积累，提升段位并获取称号和神器精华等奖励，同时每日参与战斗还能获得勾玉晶石、速之晶石等资源，鼓励持续合作。团队配合在此类玩法中被高度重视，两人队伍需要考虑技能的释放顺序和攻击的目标选择，以展现协同作战的特色。
羁绊系统通过忍者之间的特定关系为合作玩法提供关键的属性加成，从而增强团队的整体战斗力。在组队时，玩家应选择具有羁绊关系的忍者组合，例如血继限界羁绊、师徒羁绊或同村羁绊，这些关系激活后能带来额外的属性增益和技能增强。这种设计迫使玩家在搭配阵容时深思熟虑，优化角色选择以利用羁绊效果，使得合作不仅仅是简单的组队，而是基于策略的角色协同。
有效的技能释放顺序和目标选择是决定胜负的核心因素，玩家与队友必须保持沟通并规划战术。战斗过程中，分析敌方的弱点和优势，采取相应的对策，并通过连携攻击实现伤害最大化，是团队配合的基本要求。这种协调不仅体现在进攻环节，也体现在防御和资源管理上，确保整个团队在面对不同挑战时能灵活应对。
游戏还提供了扩展的多人合作模式，如羁绊驱动模式支持4人一组的小队行动，玩家需要共同完成任务和挑战；而羁绊战场则是8人参与的PVP玩法，其中玩家通过花费积分购买忍者、升级技能和合理布阵，以淘汰其他对手。这些模式丰富了合作玩法的层次，要求玩家在更大团队中协调资源和战术，进一步强调了团队协作的重要性。
